PHPで複数ファイルのアップロードをなるべくスマートにやる方法はないかなぁと探し回ってたどり着いたのが、コレ。
自分的にはベストな解答です、たぶん。
　
詳しい使い方は「Ajax風にファイルをアップロードするjQueryプラグイン「Uploadify」の使い方」が超詳しいので、こちらを参照のこと。
　
以下は自分的にポイントとなったところ。

1. 既存のPHPシステム（例えば、EC-CUBEなど）とはできるだけ独立した形にしたかったので、少し工夫した。
2. 呼出し部分は小さいので、display:none で本体のHTMLに組み込む。例えば、こんな感じ。

   
   $(document).ready(function() {
     $("#uploadify").uploadify({
       'uploader'     : '<!--{$TPL_DIR}-->js/uploadify/uploadify.swf',
       'script'         : '<!--{$TPL_DIR}-->js/uploadify/uploadify.php?rand_no=<!--{$rndNo}-->',
       'cancelImg'  : '<!--{$TPL_DIR}-->js/uploadify/cancel.png',
       'folder'         : '<!--{$smarty.const.IMAGE_TEMP_URL}-->',
       'queueID'     : 'fileQueue',
       'auto'          : false,
       'buttonText' : 'Select Files...',
       'multi'         : true
     });
   });
   
   <div>
     <p style="margin:0">画像ファイルを選択して、Uploadしてください。</p>
     <div></div>
     
     <div style="float:right"><a href="fnModeSubmit('upload_image','image_key','sub_image'); tb_remove();">Close Window</a></p></div>
     <p><a href="$('#uploadify').uploadifyUpload();">Upload Files</a>　<a href="jQuery('#uploadify').uploadifyClearQueue()">Cancel All Uploads</a></p>
   </div>
   

   ちょっと見慣れない細工コードが入っているのは無視無視。たったこれだけでアップローダ定義完了。

3. 特殊なことをしている点は、複数の人が同時にこのアップローダを使った場合、同じテンポラリ・フォルダを使うことになるので、ファイル管理用のランダム文字列を持たせたこと。（ほんとは rand()だとかぶる危険性もあるんだけど、今回は管理画面からのアップロードということで、せいぜい10人未満の同時使用しかないだろうから、そこには目を瞑った）
4. それと、#uploadブロックは通常非表示で、Thickboxのモーダル・ウィンドウで上がってくるようにしている。

   <a href="#TB_inline?height=430&amp;width=405&amp;inlineId=upload&amp;modal=true" title="Uploadify" class="thickbox">Uploadify</a>
   

   こうすると本体のHTMLを汚さなくて済むからいいよね。で、Close Windowのとき、fnModeSubmit()といういままでアップロードボタンに割りつけていた関数を呼んでフックをかけると。

5. サーバ側もいたってシンプル。

   if (!empty($_FILES)) {
     $tempFile = $_FILES['Filedata']['tmp_name'];
     $targetPath = str_replace('//','/', $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . $_REQUEST['folder'] . '/');
     $targetFile =  $targetPath . $_FILES['Filedata']['name'];
     move_uploaded_file($tempFile,$targetFile);
   
     $_FILES['Filedata']['tmp_name'] = $targetFile;
     $fp = fopen($targetPath.$_REQUEST['rand_no'], "a");
     fputs($fp, serialize($_FILES['Filedata'])."\n");
     fclose($fp);
     echo "1";
   }
   

   複数ファイルをまとめてアップロードすると、この PHPが回数分呼ばれることになる。
   やってることは、渡されたファイルをフォルダに移して、なんのファイルを移したかファイルに記録しておくだけ。
   このときのファイル名に例のランダム文字列を使ってる。

6. あとは、この $_FILES がシリアライズされたファイルを読んで、あたかも $_FILESで入ってきたように振舞ってやれば OK。

   $no  = 0;
   $buf = @file(IMAGE_TEMP_DIR . $this->rndNo);
   if ($buf) {
     foreach ($buf as $e) {
       $no++;
       $key = "sub_image".$no;
       $_FILES[$key] = unserialize($e);
       $this->arrErr[$key] = $this->objUpFile->makeTempFile($key, IMAGE_RENAME);
     }
     @unlink(IMAGE_TEMP_DIR . $this->rndNo);
     unset($_POST['rand_no']);
     unset($this->rndNo);
   }
   

   EC-CUBEのコードにがっつり入り込んでいるのでわかりにくいけど、シリアライズされたファイルを読んで、アンシリアライズしたものを $_FILESにセットして、処理を継続しているだけ。終わったら、後始末しておく。

こんな感じで活用させていただいてます。ありがとう、Uploadify。